Esta etapa se centra especialmente en profundizar el discenimiento vocación. El seminarista inicia un proceso de conocimiento de sí mismo y de la realidad de nuestra iglesia particular castrense que lo prepara para continuar el resto de etapas. Por eso se denomina también "preparatodria". Adquiere conocimientos sólidos sobre la fe y se inicia ya en una vida espiritual configurándose con Cristo según su corazón de buen pastor. 

Este tiempo específico se caracteriza por la formación del discípulo de Jesús destinado a ser pastor, con un especial cuidado de la dimensión humana, en armonía con el crecimiento espiritual, ayudando al seminarista a madurar la decisión definitiva de seguir al Señor en el sacerdocio ministerial. Corresponde con los dos cursos de estudios filosóficos.

Finalizada la etapa discipular, la formación se concentra en el proceso de configuración del seminarista con Cristo, Pastor y Siervo, para que unido a Él, pueda hacer de la propia vida un don de sí para los demás. El seminarista tendrá como tarea fundamental de formación la asimilación e identificación con el ser y el ministerio del presbítero diocesano. Esta etapa se desarrolla durante los cuatro cursos de estudios teológicos.

Etapa pastoral

La finalidad de esta etapa es doble: Insertarse en la vida pastoral, mediante una gradual asunción de responsabilidades, con espíritu de servicio; esforzarse por una adecuada preparación, recibiendo un acompañamiento específico con vistas a la recepción del presbiterado. Esta etapa suele coincidir con el ministerio diaconal.